《自贸试验区负面清单》列明了不符合国民待遇等原则的外商投资准入特别管理措施并依据《国民经济行业分类》（GB/T4754—2011）划分为15个门类、50个条目、122项特别管理措施，其中特别管理措施包括具体行业措施和适用于所有行业的水平措施。《自贸试验区负面清单》之外的领域，在自贸试验区内按照内外资一致原则实施管理，由所在地省级人民政府发布实施指南。

    《自贸试验区负面清单》中未列出的与国家安全、公共秩序、公共文化、金融审慎、政府采购、补贴、特殊手续和税收相关的特别管理措施，按照现行规定执行。自贸试验区内的外商投资涉及国家安全的，须按照《自由贸易试验区外商投资国家安全审查试行办法》进行安全审查。

    香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区投资者在自贸试验区内投资参照《自贸试验区负面清单》执行。内地与香港特别行政区、澳门特别行政区关于建立更紧密经贸关系的安排及其补充协议，《海峡两岸经济合作框架协议》，我国签署的自贸协定中适用于自贸试验区并对符合条件的投资者有更优惠的开放措施的，按照相关协议或协定的规定执行。